Die Geschichte spielt in der Buō Akademischen Schule , einer Akademie am Fuße des Fuji, in die Kinder aus Militärfamilien eintreten, um Samurai-Krieger zu werden. Die Akademie befindet sich inmitten eines Machtkampfes zwischen Yukimura Sanada und Matabei Vai von der Toyotomi-Fraktion und dem mächtigen Schülerrat, der die Schule regiert.
Muneakira Yagyu, der Besitzer des Yagyu-Dojos, und die geheimnisvolle Jubei Yagyu, ein Mädchen, das vom Himmel in Muneakiras Arme fällt, werden mitten in den Konflikt hineingezogen. Doch währenddessen kündigt eine Vorhersage des Yukimura-Clans an, dass sich ein dunkler Schatten über Großjapan erheben wird.
Die Serie zeigt berühmte historische Figuren aus der Sengoku-Periode und dem Beginn der Edo-Periode in Japan. Auch die Figur des Charles D'Artagnan stammt aus der gleichen Zeit in Europa.
